为了提高磁场梯度，必须选择高磁饱和度的聚磁介质，对聚磁介质的选择具有一定的技术困难，且增加运行的费用。

随着强磁场、高梯度磁分离技术的问世，磁分离技术的应用已经从分离强磁性大颗粒到去除弱磁性及反磁性的细小颗粒，从初的矿物分选、煤脱硫发展到工业水处理，从磁性与非磁性元素的分离发展到抗磁性流体均相混合物组分间的分离。

运行费用相对较低
对于中小型水厂而言，采用磁滤处理装置(过滤部分)与传统工艺(滤池部分)相比，增加的运行费用(运行时按投加铁粉考虑，回收率按80%计算)为0.49元/m3(试验设备按单独定制，造价比批量生产要高得多)，但磁滤器对水中有机物的去除效果远高于传统工艺，且能去除藻类，出水水质优于砂滤池出水。


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