为了提高磁场梯度，必须选择高磁饱和度的聚磁介质，对聚磁介质的选择具有一定的技术困难，且增加运行的费用。

磁分离技术处理废水存在如下的技术难度和局限性：
介质的剩磁使得磁分离设备在系统反冲洗时，难以把被聚磁介质所吸附的磁性颗粒冲洗干净，因而影响着下一周期的工作效率。

超磁分离水体净化技术
近10年来，我国小城镇经济迅猛发展，生活质量显著提高。然而经济的发展与环境保护并不同步，在经济发展的同时，随着城市污染的转移、乡镇长期缺乏统筹规划造成环境污染问题日趋严重。城镇污水治理是困扰乡镇生态环境的重大难题。

该技术主要用于冶金行业连铸、轧钢废水处理；煤炭行业井下水处理；石板材行业“牛奶溪”面源污染治理；河湖景观、河道治理行业的河湖、河道应急处理以及石油行业地下回注水处理等。
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该技术获环保部2010年科学技术二等奖，（关于发布2010年度环境保护科学技术奖获奖项目的公告）2007年该技术被选为国家发展和改革会推荐的环保护推广产品。

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