利用高梯度磁滤法，可去除那些耐药性和毒性很强的病原微生物、以及一些难降解的有机物等。
有研究表明，磁场力可使病原微生物、等细胞内的水和酶钝化或失活，从而它们被杀灭，通过磁滤达到去除的目的，而且不产生有害的副产品。与用氯或氯制剂消毒相比，该磁分离技术不会产生废水是的有机物与氯反应产生三卤甲烷(THMs)和其他卤代烃化合物，这些化合物是多种疾病的致病因子。

我国城镇仍有约20%的污水直排和溢流，是造成河湖黑臭问题80%的主要症结。村镇聚居区污水直接排入沟渠、河湖，造成区域内的民众深受河湖、沟渠的黑臭影响。

磁种回收率显着提高
在磁分离系统中，需要投加磁种使非磁性悬浮物形成磁性絮体，磁种要进行回收并重新利用。两级精密磁分离系统比常规的磁盘分离机的净化效果更好，减少了磁种的流失，提高了磁种的回收率，具项目现场统计，现磁种回收率可达到99%。

超磁分离技术因其分离速度快，大大地缩短了水力停留时间。

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